Со времен кровавых событий, произошедших на планете-тюрьме, прошло уже двести лет. Группа молодых ученых, заручившись поддержкой военных, решается на опасный эксперимент. Они решают клонировать Эллен Рипли, и с помощью клона Эллен получить зародыш Чужого, чтобы изучить его в своих лабораториях. Но внезапно эксперимент выходит из-под контроля, зародыш неожиданно для ученых начинается самопроизвольно размножаться, порождая новую, невиданную до этого породу монстра – помесь Чужого и человека. Никто не знает, на что способен этот новый жуткий тип монстра.

Вспыхнувшая в Нью-Йорке эпидемия за короткое время убила тысячи людей. Разносчиками смертельной болезни стали обыкновенные тараканы, неимоверно размножившиеся в городе. Для борьбы с насекомыми ученые-генетики Сьюзен и Питер вывели некое существо, задачей которого стало уничтожение тараканов. Однако, расправившись с ними, ужасное создание генной инженерии обратило внимание на своего создателя – человека, пожелав полакомиться новой пищей. В процессе мутации оно стало практически неуязвимым и, что страшнее всего, научилось принимать человеческий облик.

2047 год. Спасательный космический корабль послан к границе Солнечной системы с целью выяснить, что произошло с экипажем первого звездолета, созданного для путешествий со сверхсветовой скоростью и бесследно исчезнувшего при первом же полете. Внезапно появившийся из ниоткуда, он был обнаружен возле далекой планеты Нептун.

Открытие ученого Тосиаки Нагасима обещало служить на благо человечеству. Но вскоре выяснилось, что вековой паразит всего лишь ждал своего часа, чтобы восстать и зажить самостоятельной жизнью. Они живут в каждом из нас, но только та митохондрия, что родом из Африки, которую назвали Евой, может управлять всеми остальными, как армией, где бы они не находились…