Хедайя родился в Бруклине, Нью-Йорк, США в сефардской еврейской семье из Сирии. Его отец эмигрировал в США из Халеба. Дэниел Хедайя вырос в районе Бенсонхёрст. В 1962 году окончил Университет Тафтс, также обучался драматическому искусству в Гринвич-Виллидж. Долгие годы работал учителем начальных классов, пока не решил стать профессиональным актёром.

Помимо съёмок в кино, Дэн также играл роли в телевизионных сериалах. Среди них роль Ника, бывшего мужа Карлы Тортелли в ситкоме «Весёлая компания»; роль отца одного из персонажей телесериала «Семейные узы»; давно пропавшего отца Эдриана Монка в сериале «Детектив Монк». В 1997 и 2005 году актёр сыграл адвоката в медицинском сериале «Скорая помощь».

Российскому зрителю Дэн Хедайя известен по ролям диктатора Ариуса в боевике «Коммандо», Мела Хоровица в комедии «Бестолковые», генерала Мартина Переса в фантастическом триллере «Чужой: Воскрешение». Внешнее сходство с Ричардом Никсоном позволило ему сыграть бывшего президента США в комедии 1999 года «Подруги президента».

В 2006 году Хедайя получил награду P.T. Barnum Award за выдающуюся работу в области киноиндустрии.