Инесс, музу знаменитого портретиста Франциско Гойи, инквизиция бросает в темницу. В отчаянии живописец просит о помощи своего друга, священника Лоренцо. Их взаимоотношения подвергаются серьезному испытанию, необратимо меняя судьбы всех троих. История, рассказанная в фильме «Призраки Гойи», началась в Испании в 1792 году и увидена она глазами великого испанского художника Франциско Гойи – одного из ее участников. Описанные в картине события происходили во время политических потрясений и исторических перемен в стране: они начались в последние годы господства испанской Инквизиции, продолжались во время вторжения в Испанию армии Наполеона и длились вплоть до окончательного поражения французов и восстановления испанской монархии, вернувшейся на трон благодаря вмешательству могучей армии Веллингтона.

Выдающийся врач Николас Кэрригэн был отправлен вместе с некоторыми другими докторами в составе медицинской миссии в далёкую страну – Уганду. И через некоторое время получается так, что он вынужден стать личным врачом самого президента. Поработав с ним несколько дней, Николас узнаёт, что президент, на самом деле, - очень чёрствый и жестокий человек, и подчинённым ему людям приходится тяжело. Ответственный врач решает не оставлять это так, как есть, и старается сделать всё возможное для того, чтобы хоть как-то помешать тирану.