После того как на Землю обрушилась катастрофа, получившее название «Второй удар», большая часть человечества оказалась уничтожена. Долгие годы ушли на то, чтобы восстановить мир после ужасной катастрофы, когда восстановление было практически закончено, на человечество обрушилось новое бедствие – на людей начали нападать невиданные до этого существа, называющие себя Ангелами. Подросток Икари отправляется к своему отцу в город Токио 3, где расположена секретная военная организация. Икари предстоит сыграть важную роль в борьбе человечества и так называемых ангелов.

С первых минут зрителя обволакивает мрачная постапокалиптическая атмосфера, но без агонии, а скорее проникнутая чувством безразличия к окружающему миру. Люди закрыли себя в железную коробку концлагеря, где сами являются узниками и сторожами. В ней проводят свою жизнь без надежды на будущее и без памяти о прошлом.

В будущем человечество подверглось нападению пришельцев. За счёт использования новейших технологий и огромной армии роботов, интервенты постепенно теснят землян. Через 100 лет после начала войны у людей остаются лишь несколько городов, расположенных глубоко на дне океанов и отрезанных от поверхности. Инопланетяне приостанавливают наступление и копят силы для решающей атаки, дабы окончательно избавить планету от её прежних владельцев. С целью избежать полного истребления внутри одного из человеческих городов людьми в тайне создаётся секретное оружие, призванное защитить всё человечество. Это секретное оружие - отряд из пяти кибернетически изменённых девушек, каждая из которых наделена сверхспособностями. Вооружённые и оснащённые по последнему слову техники "Ангелы" (а именно так называется этот отряд) готовятся дать врагу последний бой.